Existem diversas lendas na região que justificam a construção do Santuário. Possuem em comum a acção milagrosa de uma antiga cruz de pedra com a imagem esculpida de Cristo crucificado, hoje exposta no altar-mor da igreja. A mais popular esclarece que na década de 1730, vivendo a região uma prolongada seca, com grandes prejuízos para a agricultura, um lavrador foi chamado pela imagem, que se encontrava escondida num combro por entre silvados, em terreno da Colegiada de Santa Maria de Óbidos, junto à estrada que ligava esta vila às Caldas da Rainha. A imagem "clamou-lhe" veneração, o que o lavrador cumpriu juntamente com alguns outros populares, tendo vindo a chover.
A tradição narra que aquela pequena escultura ali havia sido colocada pela própria rainha D. Leonor, para indicar o caminho das águas curativas da Caldas, tendo-se tornado objecto de veneração à época, mas tendo depois caído no esquecimento. Com a sua redescoberta pelo lavrador e o "milagre" subsequente, a imagem voltou a ser objecto de devoção popular, tendo sido erigida uma capela de madeira para albergar a imagem.
Em 1737 foi feita a oferta simbólica da primeira moeda de esmola para a construção de um novo templo que albergasse a imagem milagrosa do Senhor Jesus da Pedra, de modo que, com risco do arquitecto capitão Rodrigo Franco, da Mitra Patriarcal, em 1740 foi lançada a primeira pedra do templo, dedicada a São Tomé Apóstolo, por D. José Dantas Barbosa, arcebispo de Lacedemónia, ministro da cúria patriarcal, juiz das justificações de genere e delegado de D. Tomás de Almeida, cardeal patriarca.
Em 1742 João V de Portugal inicia os seus tratamentos no Hospital Termal Rainha D. Leonor, passando a visitar frequentemente a imagem do Senhor Jesus da Pedra, pela qual tinha grande veneração, ofertando-lhe avultadas esmolas.
Com esses auxílios, em 1747 iniciam-se as solenidades de inauguração do Santuário, com a chegada a Óbidos do arcebispo de Lacedemónia, e recepção junto ao Santuário, onde foi proferida uma oração. O arcebispo visitou a Família Real em Caldas da Rainha, comunicando ao rei as datas previstas para as celebrações. O soberano deu o seu aval e ordenou que o tesouro da Igreja de Nossa Senhora do Pópulo fosse posto à disposição para as cerimónias
Em 1751 registou-se a conclusão da abóbada de cantaria da torre do lado Norte.
Posteriormente, em 1764, o escultor Joaquim da Silva Coelho, de Alcobaça, executa a série dos Apóstolos para o Santuário.
(Fonte: Wikipedia)
